过滤设备是水肥一体化应用的必备设备，部分使用者错误的认为井水或其他水源很干净，不需要过滤。而事实上，井水经常含有粗砂、细沙和一些化学物质，容易堵塞管道。
　　由于井水水源灌溉单一简单，只需要配置离心加网式或者离心加叠片过滤模式就可以。地表水做水源的节水灌溉过滤系统，过滤器选型难度相对较大，主要原因是水源的来源不同，水质变化大，简单配置很容易，造成应用时问题便多。另外，操作管理难度较大，也是运用中反映问题最多的一个环节，因此必须根据水源、水质、灌水器流道尺寸等精心选择过滤设备。
　　常用的过滤器有离心式过滤器，筛网式对节水灌溉的过滤系统，从使用效果来讲，推荐使用全自动控制形式的过滤系统，如果人工控制会非常麻烦，也影响使用效果。地表水过滤系统按经验设计时，多数设计为砂石过滤加网式过滤，或者砂石过滤加叠片过滤。这两种设计选型基本上能满足节水灌溉的过滤选型和要求，也是较常用的模式。