水肥一体化施肥机常见的故障，从结构上看，可分为水路部分、电气部分及网络通信部分。
　　水路部分故障:最常见的故障，就是肥料沉淀导致的管道堵塞。由于市面上的化肥质量参差不齐，有些肥料溶水性不够好，进而导致主管道、肥料管道以及滴灌带堵塞。
　　电路部分故障:主要是控制电器元件的损坏和传感器的损坏。容易损坏的控制电器元件有空气开关、接触器、中间继电器等有机械运动的电气元件。在使用过程中也常出现传感器故障，所表现的现象为显示的压力、电导率、pH不准确或者无数据。
　　网络故障:一般就是通信故障。随着物联网设备的增多，服务器的压力也随之增大，所表现的现象为远程操作不灵、远程采集信息滞后等。